自從總統當選人陳水扁以「清流共治」為號召，延攬民進黨、國民黨和無黨籍專業人士，宣告組成「全民政府」以還，一方面這種組合模式，與一般所認知的政黨政治之間，究竟是會出現相融效應，抑或產生排斥作用，事實上即廣為各方所關注和質疑。邇來更因為民進黨主席林義雄主張新內閣成員如有違反民進黨黨綱，支持興建核四或落實統一政策時即應予以撤換，而使其間的矛盾似有尖銳化的趨勢。另方面，有關陳水扁和準閣揆唐飛之間的互動關係，連日來先後有內定的總統府秘書長張俊雄、明白表示未來的陳唐體制就是府院一體，黨主席林義雄更直截了當的認為行政院院長由總統提名，毋須立法院同意，其權力來自於總統，因此閣揆只是總統的執行長。張、林的這一番話，是否符合我國憲政體制，顯然也立即成為具高度爭議性的議題。

基於現實的考量，陳水扁雖然在三月十八日的選戰中得以脫穎而出，但因為只獲得相對多數選票，而立法院並未同步改選，使民進黨無法在國會取得多數。再加上民進黨本身人才不足的政治現實，使得陳水扁不得不打出全民政府的招牌，在內閣人事的布局中留用為數不少的國民黨籍政務官，從而更混淆了新內閣的定位屬性。在未來的實際運作中，不但要面臨如何與陳水扁總統、與國會進行互動的困擾，而且也要面對整體施政成敗究竟應由那個政黨負責承擔，以及個別內閣成員如何與其所屬政黨互動的紛擾。連日來民進黨高層有關的談話，只不過是第一類接觸而已。如果內閣的體制定位未能釐清，權責關係未能明確，則不止將衍生政務推動的紛擾，甚至陳唐體制能否延續，全民政府是否落空，恐怕都有待觀察考驗。

在諸多問題中，我們覺得有關內閣的體制定位問題，無疑是最優先應予釐清。關於這一點，儘管林義雄所持論調認為閣揆只是總統的執行長，從唐飛這次受命組閣的經過來看可謂接近事實，但是由於憲法明載行政院院長為全國最高行政首長，儘管由總統提名任命，但卻必須向立法院負責，因此其施政內涵固然應該以實現總統競選時的理念政見為主，但卻不宜就此貶低為只是總統的執行長。而仍應是維持與總統並存的雙首長，而成為傾向總統制的雙首長制。

將行政院院長定位為雙首長之一，意謂著閣揆仍應有一定程度的施政自主權，否則內不足以號令閣員，外不足以真正向立法院負責，所謂最高行政首長豈非落空。如此一來，實是對憲政體制的悖離，事關體制，自不容混淆。

在明確定位閣揆為憲政體制下雙首長之一，則府院關係是否應即渾為一體，便也有可以斟酌之處。強調一體，反而模糊了府院之間應有的分際，從體制的角度來看，顯然不值得強調，而只宜透過實際互動溝通的加強，以保證總統的政見理念不致於走調。

此外，關於新內閣究竟如何負責，與立法院間的互動關係為何，政黨的角色扮演何在的問題，陳水扁總統強調由他概括負責，林義雄更認為內閣閣員如果施政悖離民進黨黨綱即應撤換，儼然還是有以黨領政的味道。而與陳水扁 所稱暫停政黨活動，國家利益高於政黨利益的宣示之間有一定的距離。因此我們認為基於陳水扁的政權基礎是相對少數，民進黨在立法院又是實質少數的政治現實，此時此際包括民進黨及國民黨過分強調政黨屬性，動輒要對內閣成員祭出黨紀顯然並非明智的作法。比較務實的，還是應將行政立法之間的互動定位為機關間的制衡，立委行使職權更應依議題據民意而非一味以黨意黨紀為依歸。也只有在這種配套下，讓行政與立法部門依憲政體制進行良性互動，政黨的角色扮演侷限於內部政策形成與政黨間必要的溝通協商，如此新閣才不致在總統府、立法院與政黨的多方夾殺下，陷於動輒得咎的困境。也唯有讓新內閣能順利推動施政，包括陳水扁與民進黨的理念政綱才有付諸實施的可能，包括立法院與國民黨也才有發揮監督制衡的空間。否則淆亂體制定位，模糊權責關係，而想得到向上提升的施政成果，豈非緣木求魚而已。